Охотское море. 2204 год. Подводный аппарат, исследуя дно моря, находит лежащего на дне дракона – Кинга Гидору. Выясняется, что этот монстр сражался с Годзиллой в 20 веке. Далее события переносятся в 1992 год. Над Токио замечено НЛО. Писатель Терасава занимается тем, что пишет фантастические рассказы. Его очень заинтересовал старик из Хабаты. Старик утверждает, что видел на острове Лагос в феврале 1944 года настоящего динозавра. Динозавр тогда «спас» (он просто охранял свою территорию) японский гарнизон от американцев. В это время со спутника был зафиксирован путь прохождения НЛО. Выяснилось, что НЛО пролетал над местом, где находится Годзилла. Писатель Терасава уверен, что динозавр, которого видел старик на Лагосе – это Годзилла. Ведь на Лагосе в 1954 году было проведено испытание водородной бомбы. В результате, которого динозавр облучился радиацией и превратился в Годзиллу. В это время в районе горы Фудзи при патрулировании пропало два армейских вертолёта. Далее Терасава узнаёт, что некий господин Шинда тоже был на Лагосе. Он тогда был майором, командиром гарнизона на Лагосе. Наконец НЛО было обнаружено. От НЛО пришло сообщение о том, что они хотят встретиться с японскими властями. Наконец из НЛО появились три объекта – двое мужчин и женщина-японка по имени Эмми. На встречу с пришельцами отправились начальник службы безопасности и старший физик-исследователь. Пришельцы утверждают, что они прибыли из 23 века на машине-времени и их прислал Союз Планет. Они хотели бы встретиться с премьер-министром. Дальше события разворачиваются в кабинете премьер-министра, где люди из будущего рассказывают историю о том, что их прислали для того, чтобы они предотвратили события, которые приведут к катастрофе в 23 веке. Они утверждают, что там, откуда они пришли, нет никакой Японии. Вкратце это выглядит так: Годзилла опустошит Японию, и это вызовет мощное загрязнение. Потом радиация уничтожит растительность и вызовет рак и мутации и Япония прекратит своё существование. Люди из будущего предлагают избавиться от Годзиллы. Они планируют вернуться в 1944 год и переместить того динозавра из 1944 в 1992 год. В 1944 год отправились Эмми, андроид М-11, писатель Терасава, эксперт по динозаврам Мазаки и сотрудница Института исследования околоземного пространства – Микки Сагуса. Попав в 1944 год, они оказались в самом разгаре Второй Мировой Войны. М-11 отправился на разведку. Он обнаружил японский гарнизон, в котором господин Шинда обращался с речью к военным: «Завтра мы намерены всеми силами атаковать американцев, для того, чтобы показать, насколько мы сильны! Американцы значительно превосходят нас в численности! Но каждый из нас должен верить в окончательную победу над врагом! Мы будем бороться за нашу страну до конца»! На следующий день японцы принялись атаковать американцев. За этим боем наблюдают наши герои. И вдруг послышались шаги и рев. Это был динозавр. Американцы стали атаковать динозавра. Но вскоре начали отступать. Они отступали до самого моря. Далее американские военные радируют на военные американские корабли, что на них напал динозавр. Американские корабли начинают с моря атаковать динозавра, нанося ему смертельные раны. Динозавр падает. Американские военные ликуют и без боязни подходят к лежащему динозавру. Вдруг динозавр поднимается и убивает оставшихся американских солдат, после чего уходит вглубь леса. Наши герои тоже вернулись на летательный аппарат. Затем показывают лежащего на земле умирающего динозавра, а рядом стоящий выживший японский гарнизон. Японские военные благодарят динозавра за то, что он их спас от американцев. Далее наши герои телепортировали умирающего динозавра из 1944 в 1992 год. Но перед тем как отправиться в 1992 год Эмми выпустила трёх забавных существ. Люди из будущего называют их Дорами. Вернувшись в 1992 год, выясняется, что Годзилла исчез, а некий Кинг Гидора занял его место. Кинг Гидора ничинает уничтожать город за городом. Японцы не могут понять, откуда взялся этот монстр. Микки Сагуса делает предположение, что это Доры. Оставшись на острове, эти три существа в результате радиации срослись в одного гигантского монстра, значит, люди из будущего умышленно оставили Дор на острове. Цель пришельцев показать японскому правительству, как нужно строить страну. Но сначала они хотят эту страну уничтожить. Эмми, узнав о коварных планах своих друзей, покидает НЛО. За ней следует андроид М-11. Далее Эмми встречается с писателем Терасавой и рассказывает ему всю правду о том, что она вместе со своими дружками состоит в Союзе Всемироного Равенства. Цель этого Союза сделать одинаковой мощи все государства на этой Земле. Они украли машину времени. Она им понадобилась для выполнения плана «Япония». Она говорит, что они придумали эту историю с Годзиллой. В конце 20 века будет заморожено всё ядерное оружие и из-за этого уже никакая организация и никакое правительство не сможет контролировать Японию. Поэтому они и создали управляемого монстра, для того, чтобы уничтожить Годзиллу. Чтобы Годзилла не смог защитить Японию. В это время правительство решает динозавра похороненного в море превратить в Годзиллу. Однако экстрасенс Микки Сагуса говорит, что чувствует Годзиллу. Писатель Терасава отправляется искать господина Шинда, вместе с ним отправляется и Эмми. Их преследует андроид М-11. Он силой возвращает беглянку в НЛО. В это время пропадает подводная лодка. Писателю Терасаве удается проникнуть внутрь НЛО. Вместе с Эмми, они хотят взорвать компьютер, при помощи которого люди из будущего управляют Кинг Гидором. Затем появляется Годзилла. Начинается бой Годзиллы и Кинга Гидоры. Терасаве и Эмми удается взорвать компьютер, Годзилла одерживает верх над Кинг Гидором и уничтожает НЛО вместе с коварными пришельцами. Победив, Кинг Гидора, Годзилла идёт в Токио. Военные силы не могут остановить его. Тогда принимается решение воскресить Кинга Гидору, чтобы остановить Годзиллу. Эмми отправляется в будущее, чтобы там оживить Кинг Гидора. В это время Годзилла входит в Токио. Весь город эвакуирован. Только господин Шинда остался в своём офисе. Он хочет посмотреть в глаза динозавру, который когда-то спас его от смерти. Когда Годзилла подошёл к зданию, они стали смотреть друг другу в глаза. В конце концов, монстр разрушил здание, где находился господин Шинда. Далее появляется восстановленный Кинг Гидор (вместо средней головы и поврежденных крыльев стоят механические аналоги. Теперь монстр зовется Мека Кинг Гидором). Им управляет Эмми. И начинается последняя битва в фильме. Мека Кинг Гидор смог обхватить Годзиллу специальными «щипцами» и поднял его в воздух. Но еще один удар теплового луча Годзиллы и Мека Кинг Гидор вместе с Годзиллой падают в море. Эмми удается покинуть Мека Кинг Гидора и она, попрощавшись, улетает к себе в будущее. В конце фильма показывают дно, на котором лежат Годзилла и Мека Кинг Гидор. Годзилла открывает глаза и… Он снова жив и здоров.