Фильм начинается с показа фрагментов концовки фильма Годзилла 1985, когда Годзилла сражается
с СуперХ и проваливается в кратер горы Михара, лава, выброшенная извержением,
затягивает монстра внутрь кратера. На развалинах города, где идут спасательные работы,
группа американцев находит клетки Годзиллы. Обнаруженные японскими военными американцы убегают
от погони и затем погибают от руки сарадийского агента, который забирает клетки с собой в республику Сарадия.
В Сарадии живёт гениальный учёный Шурагами, который вместе с дочерью Эрикой едет в лабораторию,
чтобы заморозить прибывшие клетки Годзиллы. Затем в исследовательской лаборатории происходит взрыв,
в результате которого погибает дочь Шурагам.
Дальше события происходят 5 лет спустя. Учёный Шурагами возвращается в Японию.
В это время серия сильных подземных толчков потрясла район вокруг горы Михара. Из кратера даже поднимался дым.
На гору была отправлена группа на вертолёте вместе с экстрасенсом Микки Сагусой, которая с помощью
своих необычайных способностей определила, что Годзилла проснулся. В это время военные
разрабатывают новое биологическое оружие – антиядерную бактерию, с помощью которой они намереваются
убить Годзиллу. Но чтобы её изготовить, нужны клетки Годзиллы и несколько учёных. Участвовать в
разработке этого оружия, было предложено Шурагами. Но учёный отказался от предложения военных.
После Шурагами переосмыслил некоторые вещи и согласился участвовать в создании оружия, попросив
лишь поработать с клетками в лаборатории одному несколько дней. Он скрестил клетки растения с клетками Годзиллы.
Новое суперрастение быстро росло и, проломив однажды стену в доме скрылось. А через некоторое
время на озере Аши было обнаружено гигантское растение. В это время в резиденцию премьер-министра
приходит письмо с требованием уничтожить бактерию, иначе будет произведён взрыв на горе
Михара и Годзилла освободится. Было назначено место, где японцы должны были отдать бактерию,
взамен другая сторона должна была отключить детонатор с часовым механизмом.
Но встреча была сорвана сарадийским агентом. В результате бактерия похищена агентом, а Годзилла
на свободе. Годзилла сразу направился к Токио, его пытаются остановить военные силы вместе с
новым супероружием СуперХ2, но безрезультатно. И вдруг Годзилла круто поворачивает на север к Осаке.
Это его вызывает Биолланте. Далее происходит сражение между Годзиллой и Биолланте.
Победив Биолланте, Годзилла направляется к атомной электростанции подпитаться энергией,
ведь в сражении с СуперХ2 и Биолланте он потерял много сил. Он идет через Осаку.
В это время японцы наносят визит нефтяной сарадийской компании, находящейся в Осаке,
которая украла антиядерную бактерию, и силой возвращают бактерию себе. Далее в Осаке происходит
очередное сражение Годзиллы и СуперХ2. Годзилла уничтожает СуперХ2. При этом в монстра
успевают всадить антиядерные бактерии. Но бактерии не действуют, потому что Годзилла – холоднокровное животное.
Военные предпринимают последнюю попытку остановить монстра. Чтобы поднять температуру тела
Годзиллы они используют систему грозового контроля. Она создаёт искусственный гром,
вызывая высокочастотные волны, чтобы создавать облака и затем жару. Приготовив систему грозового
контроля, и расположив войска, военные готовы к последнему бою. Появляется Годзилла.
Начинается сражение, в котором военные пытаются не только остановить монстра, но и с помощью
системы грозового контроля пытаются поднять температуру тела Годзиллы.
Несмотря на большое сопротивление военных сил, монстр прорывает две линии обороны.
Вдруг появляется Биолланте. Начинается последний бой в этом фильме. Несмотря на то, что Годзилла
уже измучен сражениями и у него почти не осталось теплового луча, он мужественно сражается с Биолланте,
и все-таки, не завершив бой, Годзилла, шатаясь, уходит с поля боя. Дойдя до моря, он от бессилия падает в воду.
Биолланте, после того, как Годзилла ушел, покидает поле сражения, устремляясь в космос.
Все счастливы и вдруг пуля сарадийского агента убивает учёного Шурагами, но при этом и сам
сарадийский агент тоже погибает. Фильм заканчивается тем, что из воды появляется Годзилла.
Он пришел в себя, вода охладила его, и монстр спокойно уходит к себе в море.
