Прошел год после схватки Годзиллы и Кирью. Компьютер ДНК Кирью полностью восстановлен. А в Тихом океане просыпается Годзилла.
В это время частями особого назначения сил самообороны обнаружен неопознанный летающий объект. Объект движется по направлению к Японии. С японской базы отправляются два самолёта F-15. На требование изменить курс, объект не отвечает. F-15 начинают атаковать объект, но всё же объекту удается уйти от преследования. Было получено изображение со спутника – огромное крыло.
Господин Шио живёт вместе со своими племянником Чюджо и внуком. Однажды вечером в их доме появились две феи. Господин Шио помнит этих фей. Давным-давно он встречался с ними на острове Инфант. Феи говорят о том, что кости Годзиллы нужно вернуть в море. Люди создали робота, используя кости Годзиллы – это было ошибкой. Люди не должны касаться душ умерших. А если Годзилла снова нападёт, то Японию защитит Мотра. Если кости не будут возвращены в море, Мотра объявит войну человечеству. Сказав эти слова, феи исчезли, оставив после себя лишь небольшой камушек со знаком. Это символ Мотры. С помощью этого символа можно вызвать Мотру.
В это время работы по восстановлению Кирью идут успешно. Во время схватки с Годзиллой в прошлом году у Кирью были повреждены 37% компонентов. Он лишился руки и системы «абсолютный ноль». Но рука уже восстановлена. Остается проблема с системой «абсолютный ноль». Для починки нужен синтетический алмаз 1,5 метра диаметром.
Далее события разворачиваются в резиденции премьер-министра. Господин Шио просит премьер-министра остановить проект Кирью. Но министр говорит, что пока Японии угрожает Годзилла, нельзя отказаться от единственного средства защиты.
В это время на берегу моря был обнаружен труп гигантского существа. У существа в области шеи глубокие раны, оставленные огромными когтями. Становится очевидным, что на существо напал какой-то гигантский монстр.
Им быть мог только Годзилла.
Далее пропадает подводная лодка Соединенных Штатов. А позже появляется и Годзилла. Его попытались остановить военные корабли, но Годзилла ушел от них. Вместо пушки «абсолютный ноль» был изготовлен гипермазер. Сражение было решено вести в Шинагаве.
Именно в Шинагаве Годзилла сражался с Кирью в прошлом году. В район сражения стали стягиваться войска. Все жители эвакуируются. Вдруг выясняется, что внук господина Шио пропал. Господин Шио отправляется на его поиски.
Далее появляется Годзилла. Войска начинают атаковать его. Но безуспешно. Годзилла минует Шинагаву и идёт в район Минато. Он идёт к Кирью. Наконец господин Шио находит своего внука. Внук с помощью столов пытается воссоздать символ Мотры. Ему это удается и Мотра появляется. Она летит к Годзилле.
Начинается бой Мотры и Годзиллы. Кирью пока не выпускают. Следя за битвой Мотры и Годзиллы, премьер-министр все же решается на пуск Кирью. Начинается запуск Кирью. А Чюджо едет искать своего дядю и племянника. Во время сражения Годзилла тепловым лучом сшибает Токийскую башню, и она падает на господина Шио и его внука. Еще один удар теплового луча и Мотра падает. Она не может больше сражаться. Далее к месту сражения Годзиллы и Мотры наконец-то доставлен Кирью. Начинается бой Годзиллы с Кирью. А Чюджо все не может найти своего дядю и племянника.
В это время на острове Инфант из яйца появляются две личинки Мотры. Они сразу же направились к месту сражения Годзиллы и Кирью. Наконец Чюджо удается найти своего дядю и племянника. Они живы. В это время Годзилла тепловым лучом выводит из строя Кирью. А в заливе появились личинки Мотры. Добравшись до места сражения, они начинают атаковать Годзиллу, выстреливая паутиной. Далее Мотра зовёт их к себе. Личинки ползут к ней, и они начинают общаться между собой. Сзади приближается Годзилла и готовится выстрелить тепловым лучом. Мотра закрывает собой личинки от удара теплового луча и сгорает. Чюджо вызывается починить Кирью. Пока он добирается до Кирью, военные пытаются отвлечь Годзиллу. Чюджо удается проникнуть внутрь Кирью и починить его. Дальше Чюджо пытается выбраться из робота. Но люк заклинивает. Чюджо замурован внутри робота. Кирью поднимается и приземляется рядом с Годзиллой.
Начинается последний бой. Рука Кирью трансформируется в некое «сверло» и начинает сверлить Годзиллу насквозь. Вдобавок Кирью ещё использует гипермазер. Годзилла снова издает громкий рёв, и Кирью опять выходит из-под контроля. Личинки Мотры оплетают Годзиллу паутиной, и он падает. Кирью подходит к Годзилле, берет его и отправляется с ним в море. Девушка-пилот, управляющая самолётом, направляется следом за Кирью. Она замечает, что дверца люка, из которого должен был выбраться Чюджо, «испорчена». Понимая, что Чюджо внутри, она направляет пушку самолёта прямо на дверцу люка и выстрелами разбивает её. Чюджо удается выбраться из Кирью. Его подхватывает второй пилот, и они с помощью парашюта опускаются в воду. А Годзилла с Кирью уходят в море. Люди выполнили просьбу фей. Кости Годзиллы вернулись в море. Личинки Мотры вместе с феями тоже ушли в море.
В конце фильма сообщается о том, что обнаружен неизвестный объект неподалёку от базы сил самообороны Японии…