1992 год. Пытаясь остановить Годзиллу, японский научный центр собрал выдающихся ученых. Целью его было создание боевой машины. Гаруда было первой, но мощность Гаруды оказалась недостаточной. Нужно было что-то более мощное. Тогда ученые обратились к роботу будущего (Мека Кинг Гидор (см. фильм Годзилла против Кинг Гидора 1991г.)). Он получил название Мека, что означает механический. Позднее он был назван Мекагодзилла. Его передовая технология, самые современные достижения были использованы для создания наиболее мощного оружия в истории борьбы с Годзиллой.
1994 год. Постройка робота почти завершена. Главный герой Кадзума Аоки пилот Гаруды. Его направляют в G - force (спец. отряд, созданный для борьбы с Годзиллой).
Далее события разворачиваются на острове Адонао Берингово море. Сюда прибыла группа ученых. Дело в том, что на острове была найдена окаменелость птеранодона и еще яйцо. Ученые решили, что это яйцо птеранодона. Затем появляется гигантское летающее существо. Это Радон – гигантский птеранодон. Он вылупился из другого яйца. Результат радиоактивного загрязнения, как и в случае с Годзиллой. Радон принялся летать над лагерем ученых, нагоняя огромный ветер. Люди стали убегать и оказались перед самым морем на краю обрыва. И вдруг появляется Годзилла. Между Годзиллой и Радоном начинается сражение. Люди поспешили по скорее убраться с острова, прихватив с собой яйцо. В конце концов, Годзилла побеждает Радона.
Затем яйцо, найденное на острове Адонао, было доставлено в Киото к профессору Омаэ. Наш герой Кадзума Аоки отправился туда, чтобы посмотреть на яйцо. Он пробрался внутрь Национального Института Биотехники и встретился там с Адзусой – сотрудницей института. Она следит за яйцом. Покидая институт, Кадзума случайно прихватил с собой останки древнего растения, которые были найдены на яйце.
Далее ученые выясняют, что яйцо периодически меняет цвет. Оно иногда краснеет. Профессор Омаэ высказал свои соображения Адзусе о том, что «цвет яйца указывает на его состояние. Оно покраснело, когда мы впервые прикоснулись к нему на острове, будто от страха. Оно краснеет, когда чувствует опасность. Я заметил, что во время вашего дежурства оно излучает красный цвет всякий раз, когда вы удаляетесь. Если же вы рядом, то изменений нет. Оно словно прислушивается к звукам извне, будто пытается найти мать, которая его защитит. И мне кажется, оно нашло вас», - сказал профессор, показывая на Адзусу.
В это время Микки Сагуса, рассматривая древние останки растения, которые были у Кадзумы, что-то почувствовала. Она поспешила вместе с Кадзумой в исследовательский центр, в котором дети, обладающие необычайными способностями, определили, что останки древнего растения излучают музыку.
Затем пока наши герои слушали эту музыку, которую воспроизвел компьютер, яйцо треснуло, и из него вылупился детеныш. Но он не был похож на птенца птеранодона. «Годзиллозавр», - сказала Микки Сагуса. Детеныш был похож на Годзиллу.
Далее появляется и сам Годзилла. Сразу же была объявлена всеобщая тревога. Началась подготовка к пуску Мекагодзиллы. Затем он был запущен и направился по направлению к Годзилле. Далее происходит сражение Годзиллы и Мекагодзиллы. Мекагодзилле с помощью мощной плазменной установки удается свалить Годзиллу с ног. После этого Мекагодзилла стреляет парализующими ракетами. А затем с помощью гарпунных пушек, всадив в Годзиллу гарпуны, Мекагодзилла стал посылать по ним электрические разряды. Мекагодзилла почти уже одержал победу над Годзиллой, но вдруг Годзилла стал посылать электрические разряды назад Мекагодзилле. У робота произошло возгорание двигателей, и он вышел из строя. Годзилла поднялся, подошел к Мекагодзилле, повалили его на землю, и пошел дальше. Военные танки и самолеты попытались остановить его, но безуспешно. Годзилла входит в Киото. Он направляется к Национальному Институту Биотехники. Наши герои, которые находились в этом институте вместе с малышом, решили спуститься в подземный бункер. Наконец Годзилла добрался до института. Он стал рушить институт и при этом издавать рев, как будто зовет кого-то. Малыш испугался, и у него покраснели глаза. Не найдя малыша Годзилла уходит назад в море.
Далее нашего главного героя Кадзуму Аоки переводят на работу в гараж. А малыша перевозят в другое место. Ему выделили специальный «загон», где он может гулять. За малышом присматривает Адзуса.
А в это время продолжаются работы по восстановлению Мекагодзиллы.
Затем выясняется, что у малыша Годзиллозавра в поясничной области имеется второй мозг. Значит и у Годзиллы тоже имеется в этой области второй мозг. Военные хотят с помощью Мекагодзиллы разрушить второй мозг Годзиллы. Это новое оружие называется G- crusher . От этого они считают, Годзилла уже не сможет оправиться.
В это время Кадзума предлагает использовать первую модель Гаруды, чтобы исправить проблему недостаточной маневренности Мекагодзиллы. Он предлагает состыковать Гаруду с Мекагодзиллой. Его идею поддерживают.
Далее Кадзума наведывается к Адзусе, которая присматривает за малышом. Он говорит ей, что его снова взяли на работу пилотом. Кадзума показывает Адзусе своё изобретение – летательный аппарат и предлагает полетать. После неудачно законченного полета приходит Микки Сагуса с детьми из исследовательского центра. Дети хотят посмотреть на малыша. Микки Сагуса просит спеть детей для малыша, и дети начинают напевать ту музыку, которую излучали останки древнего растения. Малыш разнервничался и стал биться туловищем о прутья клетки, потом повернулся и, опустив голову, ушел вглубь «загона». «Что-то не так», - сказал Кадзума. «Может из-за песни?», - сказала Микки Сагуса. «Помните, когда мы слушали музыку, малыш вылупился из яйца. Думаю, что музыка дает ему силу», - сказала Сагуса. Правда, оказалось не только одному малышу. Эта музыка воскресила Радона на острове Адонао. Гигантская птица поднялась в воздух и полетела.
А в это время военные решают попытаться заманить Годзиллу на один из островов Огасавара, который необитаем. Они хотят поместить на остров приманку - малыша. Микки Сагуса тоже летит на борту Мекагодзиллы. Она должна точно определить, где находится второй мозг Годзиллы. Адзуса просит остановить операцию, но безуспешно.
На следующий день Адзуса вместе с малышом в специальном контейнере полетели на остров. Но они не долетели до места назначения. Контейнер перехватил Радон. Он долго кружил с контейнером над городом и, наконец, сел. Радон стал клювом вскрывать контейнер. Наконец к месту, где находился Радон прибыли Гаруда, которой управляет Кадзума и Мекагодзилла. Гаруда и Мекагодзилла стали атаковать Радона, пытаясь убрать его от контейнера. Радон взлетел и стал атаковать тепловым лучом. Он смог подбить Гаруду. Далее Радон стал атаковать Мекагодзиллу, но Мекагодзилла своей мощной плазменной пушкой отбросил Радона. С Радоном было покончено.
Наконец появляется Годзилла. Он начинает бороться с Мекагодзиллой. У Мекагодзиллы происходит перегрев энергосистемы, и он начинает выходить из строя. Срочно вводится в действие резервная система. Также на помощь приходит Гаруда. Происходит стыковка Гаруды с Мекагодзиллой. Мекагодзилла снова может сражаться, и бой продолжается. Затем Мекагодзилла использует G- crusher против Годзиллы. Мекагодзилле удается разрушить второй мозг Годзиллы. Годзилла ревет и падает. Малыш выбирается из контейнера и зовет Радона. Гигантская птица поднимается и садится на Годзиллу. Радон жертвует собой, он отдает всю свою энергию Годзилле. Годзилла оживает, он поднимается и начинает атаковать Мекагодзиллу более мощным красно-желтым лучом. Мекагодзилла не смог противостоять этому и Годзилла уничтожает Мекагодзиллу. Однако пилоты вместе с Микки Сагусой целые и невредимые выбираются из останков робота. С Адзусой также все в порядке. Она прощается с малышом и оставляет малыша Годзилле. И Годзилла вместе с малышом уходит в море.