Действие фильма начинается с того, что к Земле приближается метеорит. Он падает в Тихий океан
где-то возле впадины Огасавара и пробуждает Годзиллу ото сна. К тому же этот метеорит вызвал гигантский тайфун и
оползень, в результате которых на поверхность из-под земли обнажилось огромное яйцо.
Таиланд. Месяц спустя. Нам показывают развалины древней цивилизации. Главный герой Такуя - вор.
Он проник внутрь одного такого исторического сооружения и пытается достать некую статуэтку. Ему это удается и
долгожданная добыча в его руках. И вдруг начинается обвал. Такуя еле удается выбраться наружу.
Его тут же арестовывают и сажают в тюрьму.

Далее к нему в тюрьму наведываются люди от правительства и бывшая жена. Они сообщают Такуя, что месяц назад
на Землю в районе Тихого океана упал метеорит, и что ведутся наблюдения, каковы будут последствия падения этого
метеорита на окружающую среду. Со спутника на одном из Индонезийских островов было обнаружено нечто.
Правительство хочет, чтобы Такуя отправился на остров и добыл эту штуку. Если он сделает это, то он на свободе.
Но Такуя отказывается и только под угрозой увеличения срока за повреждение бесценного национального достояния он
соглашается.

Такуя отправляется на остров Инфант вместе со своей бывшей женой Масакой и представителем компании,
которой этот остров принадлежит.
В это время глубоко под водой из пещеры вылезает чудовище.

Прибыв на остров, и пережив небольшие приключения, наши герои, обнаруживают пещеру. Внутри на стенах
пещеры они видят наскальные рисунки, на одном из которых изображены две бабочки. Далее наши герои выходят
из пещеры и… наконец-то находят то, что было обнаружено со спутника. Это гигантское яйцо. Они подошли ближе к яйцу,
чтобы его рассмотреть и вдруг услышали голоса. Голоса доносились из цветка. « Смотрите, цветок говорит » , – сказал
представитель компании. « Быть того не может » , – отвечает Такуя. И вдруг из-за цветка вышли две
крохотные девушки-близняшки. Они представились как Космос. Космос Земли. « Мы двое держим в равновесии
естественный порядок в природе. 12 тыс. лет назад хранителем Земли была Мотра. Тогда на Земле
существовала высокая цивилизация, и Космос был в полном порядке. Затем нечто ужасное свершилось,
ученые изобрели способ контролировать климат Земли. Этим Земле был нанесен огромный ущерб. Кроме того,
этот контроль над климатом породил черную Мотру – Батру. Это было очень злобное чудовище. Беспощадное
сражение произошло между Мотрой и Батрой. Когда Мотра победила наконец, Батра улеглась на покой в Северном море.

Далее гигантское наводнение обрушилось на Землю, и большая её часть оказалась под водой. Мотра вместе с
нами укрылась в горах. Если бы не оползень яйцо бы оставалось под землей. Кроме того, мы опасаемся,
что пробуждается не только Мотра, где-то пробуждается и ужасное чудовище Батра », - сказали маленькие феи.
Было решено забрать яйцо в Японию. Феи также согласились отправиться вместе с яйцом в Японию.
В это время гигантское чудовище движется под водой по направлению к Японии. Это Батра. Было принято
решение уничтожить монстра. На уничтожение было послано несколько военных самолетов. Но они не смогли остановить
чудовище.

А в это время наши герои вместе с яйцом отправились назад в Японию.
Далее в Нагоя из-под земли появилась Батра-личинка. Порушив город, чудовище вновь скрылось под землей.
В это время прямо рядом с нашими героями, которые перевозят по морю яйцо в Японию, появляется Годзилла.
И вдруг яйцо трескается и из него появляется личинка Мотры. Годзилла начинает атаковать личинку. Между ними
завязывается бой. Далее появляется и Батра. Она начинает атаковать Годзиллу и уже бой идет между Батрой-личинкой
и Годзиллой. А личинка Мотры спокойно уплывает. Батра и Годзилла погружаются под воду и продолжают
сражение под водой. Наши герои поспешили убраться поскорее от этого места. Затем происходит извержение
вулкана под водой и происходит оно на Филиппинском плато, прямо как раз где сражаются Годзилла и Батра.
Оба монстра проваливаются в вулкан. Годзилла и Батра утонули в расплавленной лаве.

На следующий день Космос пропал. Их украл Андо – представитель компании Марутомо, который вместе с Такуя
и его бывшей женой Масакой ездил на остров. Андо привез Космос своему боссу. Босс хочет разбогатеть за счет Космоса.
Он отверг все предложения правительства и сказал, что Космос останется у него.
В это время Космос вызывает на помощь Мотру. Мотра плывет в Японию.

Далее Космос снова похищают. Это сделал Такуя. Он хочет продать Космос.
А в это время военно-морские силы пытаются остановить Мотру. Но безрезультатно.
Затем в машине, в которой едут Микки Сагуса и Масако с дочерью, Микки Сагуса слышит голоса. Они следуют на голос.
А Мотра уже в Токио. Масако с дочерью и Микки Сагуса подъехали к зданию. «Где-то здесь», - сказала Сагуса.
Внутри здания они столкнулись с Такуя, в руках которого был Космос. В это время Мотра тоже достигла здания,
где были наши герои. Космос сказал Мотре, что с ними все в порядке. Мотра-личинка развернулась и стала уходить.
Её стали атаковать войска. Добравшись до Парламента, Мотра остановилась.
В это время выясняется, что уровень магмы резко повышается и это грозит извержением горы Фудзи.
Затем Мотра-личинка стала плести кокон и вскоре полностью оказалась внутри кокона.

Далее происходит извержение горы Фудзи. А затем из горы выходит и Годзилла.
А в это время из кокона появляется бабочка Мотра. Она отправляется, чтобы найти Батру и уничтожить её, так как Батра
тоже жива, и она также превратилась в бабочку.

А военные в это время хотят изменить направление движения Годзиллы. Они надеются, что может быть заставят его
вернуться в море. Войска начинают атаковать Годзиллу. Но монстр легко расправляется с ними.
В это время в воздухе встречаются Мотра и Батра. Батра начинает преследовать Мотру, стреляя из глаз
тепловыми лучами. Наконец Батре удается попасть лучами в Мотру и та падает. Далее появляется Годзилла.
Батра начинает атаковать Годзиллу, стреляя в него, и попадает в высотное здание, которое падает на Годзиллу.
Затем Батра неосторожно приближается к развалинам здания, Годзилла быстро поднимается из-под развалин,
хватает Батру и отбрасывает её. После чего несколько раз стреляет в неё тепловым лучом. Вдруг поднимается Мотра
и начинает атаковать Годзиллу. Годзилла падает. А Мотра садится рядом с Батрой, и они начинают обмениваться энергией.

Затем встает Годзилла, Мотра начинает атаковать его. Пытаясь взять под свой контроль. Но Годзилла своей энергией
отбрасывает Мотру. Вдобавок он попадает тепловым лучом в колесо обозрения, которое начинает падать на Мотру.
Но его подхватывает Батра и «бросает» в Годзиллу. Годзилла снова падает. Мотра и Батра начинают его обстреливать
тепловыми лучами. Годзилла опять поднимается и атакует своим лучом Мотру и Батру. Затем Мотра снова пытается
взять Годзиллу под свой контроль. Ей помогает Батра. Годзилла опять падает. Мотра и Батра начинают «общаться»
между собой. Далее Батра садится на грудь Годзилле, а Мотра хватает Годзиллу за хвост. Они хотят поднять Годзиллу
в воздух. Годзилла начинает кусать Батру в шею. Также он попадает тепловым лучом прямо в шею (в рану),
откуда течет кровь. Наконец Мотре и Батре удается поднять Годзиллу в воздух. Летя над морем, Годзилла еще
раз стреляет тепловым лучом в Батру. Этот выстрел оказывается смертельным для Батры. Она и так уже истекала кровью.
Мотра отпускает хвост Годзиллы и Годзилла вместе с Батрой падает в море.

В конце показывают аэродром, на котором сидит Мотра. Космос прощается с нашими героями. Затем они перемещаются
на Мотру, и та, вместе с Космосом, улетает.