Три месяца спустя после извержения вулкана около острова Дайкоку пропало японское рыбачье судно « Yahata - maru ». Репортер Горо Маки, плывя на своей лодке, обнаружил пропавшее судно « Yahata - maru ». Он поднялся на борт судна и там обнаружил многочисленные обескровленные тела. Затем Горо находит одного уцелевшего человекa и из его бумажника узнает, что этого человека зовут Кен Окамура. Также в бумажнике Горо находит фотографию, на которой изображен Кен, стоящий рядом с девушкой. И вдруг на Горо нападает гигантская морская блоха. Уцелевший Кен Окамура приходит на помощь Горо и убивает морскую блоху. Далее Окамура рассказывает Горо, что он видел чудовище. «Остров поднялся из воды как огромная скала. Но она была живая ! » - сказал Окамура. «Вроде той гигантской блохи, которая напала на нас?» - спросил Горо. «Нет. Оно было другое. У него из пасти пламя вырывалось!» - ответил Окамура. «Так ты его разглядел, как следует?» - спросил Горо. «Нет. Оно было слишком большое. Я разглядел только часть его», - ответил Окамура. Затем Горо и Окамуру забирает спасательный вертолет. Далее в больнице к Окамуре наведывается профессор Хаяшида. Никто не верит в рассказ Окамуры о том, что он видел гигантское чудовище за исключением профессора Хаяшиды, который показывает Окамуре фотографии Годзиллы во время его первой атаки на Токио в 1954 году. Становится ясно, что монстр, которого видел Окамура это Годзилла. А как же тогда трупы? Из них была высосана вся кровь. Годзилла не мог этого сделать. Профессор Хаяшида объяснил, что это сделали морские блохи. «Обычно морские блохи длиной всего несколько сантиметров. Вопрос в том, почему они так выросли? Они поразили Годзиллу и питались его кровью, в результате чего постоянно подвергались воздействию радиации от Годзиллы», - сказал Хаяшида. Но почему Годзилла появился именно сейчас? «Три месяца назад на острове Дайкоку произошло сильное извержение вулкана. Возможно, оно его потревожило и заставило его подняться на поверхность», - сказал профессор Хаяшида. Тем временем Горо разозлен тем, что его рассказ о встрече Окамуры с монстром не опубликовали. Он встречается со своим шефом, который поясняет ему, что они не могут опубликовать его рассказ, поскольку монстр, с которым столкнулся Окамура, это Годзилла. Правительство не хочет разглашать эту информацию, пока не узнает больше. Если опубликовать этот рассказ, это вызовет массовую панику. А пока правительство рекомендовало Горо поговорить с профессором Хаяшидой. Горо встречается с Хаяшидой. Они начинают разговаривать. Выясняется, что 30 лет назад во время первой атаки Годзиллы на Токио погибли родители Хаяшиды. Теперь Хаяшида изучает Годзиллу видимо из чувства мести, чтобы убить монстра. Хаяшида объясняет Горо, что Годзилла не просто гигантское чудовище, но и своего рода живое ядерное оружие, обладающее колоссальной разрушительной силой. Более того, чудовище практически бессмертно. Но это все же живое существо, а значит, его можно убить. Далее в комнату входит девушка. Она приносит чай. Горо узнает в ней девушку с фотографии, которую он вытащил из бумажника Окамуры. Горо затем спрашивает у Хаяшиды: «Это видимо подружка Окамуры»? Но профессор Хаяшида поясняет, что эта девушка сестра Окамуры. Её зовут Наоко Окамура. Наоко не знает, что её брат жив. Затем Горо встречается с Наокой и сообщает ей, что её брат жив и что его держат взаперти в полицейском госпитале. Наоко сразу же отправилась туда. Там она встречает своего брата и крепко обнимает его. Тем временем около острова Агошима советская подводная лодка обнаруживает неопознанный объект, который движется по направлению к советской подлодке. Русские думают, что эта враждебная американская подлодка. Они пускают две торпеды, чтобы уничтожить объект. Торпеды попадают в цель, однако объект продолжает двигаться. Он оказывается прямо над советской подлодкой. И вдруг подлодка взрывается. Русские уверены, что их подводную лодку уничтожили американцы. СССР и страны Варшавского договора объявили готовность №1 всем своим силам и, похоже, готовы объявить ядерную войну. В свою очередь США и страны блока НАТО тоже объявили готовность №1 всем своим войскам. К счастью, через 5 минут после сигнала бедствия с советской подлодки, японский противолодочный патрульный самолет сделал фотографию на месте гибели подлодки, и теперь нет никаких сомнений, что это Годзилла. Японский премьер-министр немедленно решает обнародовать новость о Годзилле. Это позволило избежать ядерной войны. Далее военные решают победить Годзиллу с помощью Супер Х. Эта боевая машина, которая была построена для обороны столицы. Титано-платиновая броня этой боевой машины, а также её электрические цепи рассчитаны на работу в экстремальных тепловых условиях. Орудия этой боевой машины могут стрелять кадмиевыми зарядами, специально разработанными для борьбы с Годзиллой. Поскольку кадмий используется для торможения ядерных реакторов, военные полагают, что он сможет остановить Годзиллу. Вскоре Годзилла появляется близ ядерной электростанции, чтобы подпитаться ядерной энергией. Горо, Кен и профессор Хаяшида летят к этой ядерной электростанции и фотографируют чудовище. Годзилла берет в лапы ядерный реактор и начинает «заправляться» ядерной энергией. Затем он замечает стаю перелетных птиц и вдруг уходит от ядерной электростанции в направлении полета стаи перелетных птиц. Профессор Хаяшида всегда считал, что у динозавров должен быть инстинкт определения направления. И у Годзиллы он тоже есть. «Годзилла реагирует на магнетизм», - говорит профессор Хаяшида. Такой же инстинкт есть и у перелетных птиц. Годзилла почувствовал магнетизм и последовал за птицами. Профессор Хаяшида считает, что это может быть использовано против Годзиллы. Хаяшида хочет создать устройство, которое воздействует на этот инстинкт Годзиллы и увлечет его в активный вулкан (планируется создать искусственное извержение) на горе Михара. Профессор предлагает свою идею правительству, и то одобряет его план. Позже профессор говорит : «Я не хочу убивать Годзиллу. Когда Годзилла появился 30 лет назад, к нему сначала отнеслись с благоговением. Его считали ожившей легендой. В народе считают, что чудовище появляется накануне предстоящих бедствий. Годзилла – это предостережение людям. И я хотел бы лишь отправить его туда, откуда он пришел», - сказал Хаяшида. Далее советский и американский послы встречаются с премьер-министром Японии. Русские и американцы хотят уничтожить Годзиллу с помощью ядерного оружия. Другой альтернативы они считают, нет. Но им нужно разрешение Японии на применение ядерного оружия против Годзиллы. Русские уверяют. Что ядерный взрыв будет ограниченный. Русские и американцы планируют использовать заряды по 1 килотонне, в половину меньше, чем бомба, сброшенная на Хиросиму. Затем премьер-министр Японии вместе со своим кабинетом обсуждает это рискованное решение в другой комнате. После долгой дискуссии поднялся начальник штаба и сказал: «Последствия использования даже незначительных ядерных зарядов непредсказуемы. Именно поэтому ни русские, ни американцы до сих пор не применяли их в локальных конфликтах». Начальник штаба хочет этим сказать, что русские и американцы попросту хотят испытать свое оружие в Японии на Годзилле. Затем премьер-министр снова встречается с русским и американским послами. Он говорит послам: «Я хочу, чтобы вы поняли, что это вопрос принципа. Поскольку Япония не использует и не имеет ядерного оружия мы не в праве давать согласие на его применение. Мое решение окончательное ! » - сказал премьер-министр. Русские и американцы стали кричать, что они имеют полное право на уничтожение Годзиллы, что сейчас не время говорить о принципах. Однако премьер-министр сказал: «Мы не можем позволить себе терять голову в минуты кризиса. Кроме того, у нас нет доказательств, что ядерное оружие поможет. Но если мы применим ядерное оружие, кто может сказать, кто и когда применит его в следующий раз? Мы потеряли права на ядерное оружие, вы обвиняете нас в национальной гордыне. Возможно, вы в чем-то правы. Но как вы сами к этому относитесь? Вы тоже думаете только о себе. Хорошо. Я лично обсужу это с руководителями ваших стран». Позже, после того как премьер-министр поговорил с руководителями США и СССР один из его помощников спросил, что он им сказал? Премьер-министр ответил: «Я спросил их, а если бы Годзилла объявился в ваших странах? Хватило бы у вас смелости применить ядерное оружие, сознавая при этом опасность уничтожения большей части собственного населения? И оба руководителя согласились со мной». Затем выясняется, что в сторону Токийского залива движется Годзилла. А в это время на горе Михара ведутся приготовления. Кен Окамура вместе со старым другом профессора Хаяшиды геологом Минами с помощью военных устанавливают на горе взрывчатку, которая взорвет вулкан. Далее в Токийском заливе появляется Годзилла. Группа самолетов начинает атаковать монстра, но безуспешно. Годзилла опускается под воду, в результате чего поднимается волна и бьет советское судно о причал на борту, которого находится система управления ядерной ракетой. Система управления повреждается и срабатывает обратный отсчет времени, который запустит ядерную ракету со спутника. А Годзилла снова поднимается из воды. Его атакуют с берега войска. Но монстр легко справляется с ними. В это время капитан советского судна, который сильно ранен, пытается остановить пуск ядерной ракеты. Он ползет к системе управления, но вдруг пол под ним взрывается и убивает его. Тем временем Годзилла входит в Токио. Супер Х готов к запуску. Наши герои Горо, Хаяшида и Наоко начинают тестировать изобретение профессора, когда Годзилла проходит рядом со зданием, где они находятся. Годзилла останавливается и поворачивается мордой к зданию. Он чувствует магнетизм. Затем профессор Хаяшида отключает устройство, и наши герои следуют на крышу здания, где их должен забрать вертолет. В это время Годзилла задевает хвостом часть здания, в результате чего Горо, Хаяшида и Наоко не могут попасть на крышу. Все двери оказались заклинившимися, и наши герои оказались в ловушке. А Супер Х уже следует к месту, где находится Годзилла. А пока монстра атакуют лазерные установки. Наконец Супер Х прибыл на место. Он выпускает вверх ракету, которая создает вспышку. Годзилла в ответ на это издает рев. В это время ему в пасть стреляют кадмием. И так пару раз. Тем временем обратный отсчет завершен и автоматически со спутника запускается ядерная ракета, нацеленная на Годзиллу. Через 30 минут ядерная ракета достигнет цели. Русские не могут сбить свою ракету, так как русские ракеты летают по другим орбитам. Поэтому японское правительство просит американцев сбить советскую ракету. А в это время Годзилла падает без сознания на соседнее здание. Далее американцы запускают свою ракету. А тем временем вертолет с Кеном Окамурой забирает профессора Хаяшида из здания, где он заперт вместе с Наокой и Горо и доставляет его на гору Михара, где он должен установить свое изобретение. Через некоторое время американская ракета успешно уничтожила советскую ракету в стратосфере. Взрыв вызвал необычайный феномен. Небо сделалось оранжевым, и появились молнии. Несколько молний ударило в Годзиллу и восстановило его. Годзилла поднимается и поворачивается в сторону Супер Х. У Супер Х закончились кадмиевые ракеты. Остались только обычные. Он начинает атаковать Годзиллу. Годзилла в ответ стреляет тепловым лучом в Супер Х. В это время наши герои Наоко и Горо пытаются покинуть здание. А профессор Хаяшида прибыв на гору, стал устанавливать свое изобретение. Наконец он установил изобретение и включил его. Тем временем Годзилла стреляет тепловым лучом в Супер Х. Тот садится на землю и Годзилла толкает соседнее здание, которое обрушивается на Супер Х. А Наоко и Горо тем временем выбрались из здания, где были заперты. Наконец Годзилла почувствовал магнетизм и направился на гору Михара. Годзилла доходит до самого края вулкана и останавливается (он не решается идти дальше ведь дальше обрыв). Кен Окамура нажимает на кнопку пуска, происходит взрыв. И Годзилла проваливается в кратер горы Михара.