1999 год. В Татэяме префектуре Тиба во время гигантского тайфуна появился монстр. В этот район сразу же были отправлены части сил самообороны по борьбе со специфическими живыми организмами. Прибыв на место, военные сразу же стали атаковать монстра. Но остановить чудовище не удалось. После того как монстр обрушил свою ярость на Татэяму, он вернулся в Тихий океан.
Далее выясняется, что имело место нападение монстра Годзиллы схожего с убийцей 1954 года.
Девушка Аканэ была оператором мазера во время атаки на Годзиллу. Получилось так, что её друзья – военные погибли в борьбе с Годзиллой. Когда Годзилла выстрелил тепловым лучом, который попал в гору, с нею посыпались камни. Военные, чтобы не быть раздавленными дали газу назад и врезались в мазер Аканэ, после чего машина с военными упала с обрыва, и её раздавил Годзилла. После этого случая Аканэ была переведена на бумажную работу.
Понимая, что Годзиллу имеющимся оружием не остановить, военные приступили к разработке нового оружия, которое уничтожит Годзиллу. В технических лабораториях главного управления сил самообороны были собраны дающиеся учёные Японии. Им был показан скелет Годзиллы 1954 года извлеченный из Тихого океана.
Правительство и военные хотят создать биоробота, механического Годзиллу, который будет сильнее и мощнее Годзиллы настоящего. А в основе этого робота будет скелет Годзиллы 1954 года.
2003 год. Постройка робота завершена. Аканэ была зачислена в отряд Кирью. В основе формы робота тело Годзиллы. Механический робот снабжен компьютерами ДНК. Кирью (в переводе с японского – механический дракон), так его назвали японцы, может управляться дистанционно. Также робот может вести бой в течение 2 часов. Если нужно продлить бой Кирью можно подзарядить с самолёта имплантируемого с помощью микроволновой энергии. Главное оружие робота – мощная пушка. Она называется «пушкой абсолютного нуля». Пускается интенсивный низкотемпературный луч, который замораживает цель до 0 по Кельвину или – 273 градусов.Цель разрушается до молекулярного уровня. На это оружие расходуется 40% энергии Кирью.
В это время обнаружен Годзилла. Он направляется в Токио. На сражение с Годзиллой был послан Кирью. Начался бой. После первой атаки Кирью, Годзилла почему-то резко повернул назад в море, перед этим громко рявкнув. После этого Кирью перестал реагировать на команды, а Годзилла спокойно ушел к себе в море. Внезапно робот начал атаковать своих же. Кирью как будто взбесился. Он начал уничтожать всё на своём пути. Военные бессильны были что-либо сделать. Оставалось только ждать. Когда иссякнет энергия робота. Через некоторое время Кирью остановился и замер.
Учёным удалось выяснить, что рёв Годзиллы спровоцировал Кирью. Все компьютеры Кирью делались в соответствии с ДНК Годзиллы. Учёные решили изменить ДНК.
Вскоре Годзилла снова замечен в Токийском заливе. Он движется к Шинагаве. Все военные подразделения начали занимать свои позиции. Появился Годзилла. Военные начали атаковать Годзиллу, но монстр легко разделался с ними. В это время проверка Кирью была завершена. Все его параметры в норме. Но премьер-министр не дает команду для выпуска Кирью в бой. Он боится, что робот снова взбесится.
В конце концов, премьер-министр дает под свою ответственность разрешение на пуск Кирью. Кирью был запущен и отправлен на бой с Годзиллой. Начался бой. Через некоторое время энергия Кирью стала заканчиваться, и нужно было завершать сражение. Кирью стал использовать «пушку абсолютного нуля», но из-за теплового луча он не попал в Годзиллу. Более того, робот был повреждён, и энергия закончилась.
Управлять Кирью дистанционно больше было невозможно. Аканэ решила управлять роботом в ручную. Ей удалось пробраться внутрь Кирью и включить его. Теперь нужно было зарядить робота. Для подзарядки был отключен весь город, и с помощью специального самолёта удалось подзарядить робота. Кирью снова может вести бой. Он поднялся, но удар теплового луча Годзиллы снова сбил его с ног. С трудом робот снова поднимается. А Годзилла уже готов выстрелить тепловым лучом еще раз. Тогда один из военных отряда Кирью направляет свой самолёт прямо на Годзиллу. Самолёт попадает в пасть монстра. Поймав момент пока Годзилла с самолётом в пасти не может выстрелить тепловым лучом, Аканэ стала снова использовать «пушку абсолютного нуля». Она направила Кирью прямо на Годзиллу, и робот понёс Годзиллу прямо в море. Упав в море вместе с Годзиллой, Кирью выстрелил «абсолютным нулём». Но произошел промах и… Годзилла снова жив. Он уходит к себе в море. Следом за ним из воды поднимается и Кирью. У робота повреждения составляют 37%.
Это нельзя назвать победой, но людям хотя бы удалось прогнать Годзиллу. Но схватка еще не завершена…