Действие фильма начинается с того, что к Земле приближается метеорит. Он падает в Тихий океан

где-то возле впадины Огасавара и пробуждает Годзиллу ото сна. К тому же этот метеорит вызвал гигантский тайфун и

оползень, в результате которых на поверхность из-под земли обнажилось огромное яйцо.

Таиланд. Месяц спустя. Нам показывают развалины древней цивилизации. Главный герой Такуя - вор.

Он проник внутрь одного такого исторического сооружения и пытается достать некую статуэтку. Ему это удается и

долгожданная добыча в его руках. И вдруг начинается обвал. Такуя еле удается выбраться наружу.

Его тут же арестовывают и сажают в тюрьму.

Далее к нему в тюрьму наведываются люди от правительства и бывшая жена. Они сообщают Такуя, что месяц назад

на Землю в районе Тихого океана упал метеорит, и что ведутся наблюдения, каковы будут последствия падения этого

метеорита на окружающую среду. Со спутника на одном из Индонезийских островов было обнаружено нечто.

Правительство хочет, чтобы Такуя отправился на остров и добыл эту штуку. Если он сделает это, то он на свободе.

Но Такуя отказывается и только под угрозой увеличения срока за повреждение бесценного национального достояния он

соглашается.

Такуя отправляется на остров Инфант вместе со своей бывшей женой Масакой и представителем компании,

которой этот остров принадлежит.

В это время глубоко под водой из пещеры вылезает чудовище.

Прибыв на остров, и пережив небольшие приключения, наши герои, обнаруживают пещеру. Внутри на стенах

пещеры они видят наскальные рисунки, на одном из которых изображены две бабочки. Далее наши герои выходят

из пещеры и… наконец-то находят то, что было обнаружено со спутника. Это гигантское яйцо. Они подошли ближе к яйцу,

чтобы его рассмотреть и вдруг услышали голоса. Голоса доносились из цветка. « Смотрите, цветок говорит » , – сказал

представитель компании. « Быть того не может » , – отвечает Такуя. И вдруг из-за цветка вышли две

крохотные девушки-близняшки. Они представились как Космос. Космос Земли. « Мы двое держим в равновесии

естественный порядок в природе. 12 тыс. лет назад хранителем Земли была Мотра. Тогда на Земле

существовала высокая цивилизация, и Космос был в полном порядке. Затем нечто ужасное свершилось,

ученые изобрели способ контролировать климат Земли. Этим Земле был нанесен огромный ущерб. Кроме того,

этот контроль над климатом породил черную Мотру – Ватру. Это было очень злобное чудовище. Беспощадное

сражение произошло между Мотрой и Ватрой. Когда Мотра победила наконец, Ватра улеглась на покой в Северном море.

Далее гигантское наводнение обрушилось на Землю, и большая её часть оказалась под водой. Мотра вместе с

нами укрылась в горах. Если бы не оползень яйцо бы оставалось под землей. Кроме того, мы опасаемся,

что пробуждается не только Мотра, где-то пробуждается и ужасное чудовище Ватра », - сказали маленькие феи.

Было решено забрать яйцо в Японию. Феи также согласились отправиться вместе с яйцом в Японию.

В это время гигантское чудовище движется под водой по направлению к Японии. Это Ватра. Было принято

решение уничтожить монстра. На уничтожение было послано несколько военных самолетов. Но они не смогли остановить

чудовище.

А в это время наши герои вместе с яйцом отправились назад в Японию.

Далее в Нагоя из-под земли появилась Ватра-личинка. Порушив город, чудовище вновь скрылось под землей.

В это время прямо рядом с нашими героями, которые перевозят по морю яйцо в Японию, появляется Годзилла.

И вдруг яйцо трескается и из него появляется личинка Мотры. Годзилла начинает атаковать личинку. Между ними

завязывается бой. Далее появляется и Ватра. Она начинает атаковать Годзиллу и уже бой идет между Ватрой-личинкой

и Годзиллой. А личинка Мотры спокойно уплывает. Ватра и Годзилла погружаются под воду и продолжают

сражение под водой. Наши герои поспешили убраться поскорее от этого места. Затем происходит извержение

вулкана под водой и происходит оно на Филиппинском плато, прямо как раз где сражаются Годзилла и Ватра.

Оба монстра проваливаются в вулкан. Годзилла и Ватра утонули в расплавленной лаве.

На следующий день Космос пропал. Их украл Андо – представитель компании Марутомо, который вместе с Такуя

и его бывшей женой Масакой ездил на остров. Андо привез Космос своему боссу. Босс хочет разбогатеть за счет Космоса.

Он отверг все предложения правительства и сказал, что Космос останется у него.

В это время Космос вызывает на помощь Мотру. Мотра плывет в Японию.

Далее Космос снова похищают. Это сделал Такуя. Он хочет продать Космос.

А в это время военно-морские силы пытаются остановить Мотру. Но безрезультатно.

Затем в машине, в которой едут Микки Сагуса и Масако с дочерью, Микки Сагуса слышит голоса. Они следуют на голос.

А Мотра уже в Токио. Масако с дочерью и Микки Сагуса подъехали к зданию. «Где-то здесь», - сказала Сагуса.

Внутри здания они столкнулись с Такуя, в руках которого был Космос. В это время Мотра тоже достигла здания,

где были наши герои. Космос сказал Мотре, что с ними все в порядке. Мотра-личинка развернулась и стала уходить.

Её стали атаковать войска. Добравшись до Парламента, Мотра остановилась.

В это время выясняется, что уровень магмы резко повышается и это грозит извержением горы Фудзи.

Затем Мотра-личинка стала плести кокон и вскоре полностью оказалась внутри кокона.

Далее происходит извержение горы Фудзи. А затем из горы выходит и Годзилла.

А в это время из кокона появляется бабочка Мотра. Она отправляется, чтобы найти Ватру и уничтожить её, так как Ватра

тоже жива, и она также превратилась в бабочку.

А военные в это время хотят изменить направление движения Годзиллы. Они надеются, что может быть заставят его

вернуться в море. Войска начинают атаковать Годзиллу. Но монстр легко расправляется с ними.

В это время в воздухе встречаются Мотра и Ватра. Ватра начинает преследовать Мотру, стреляя из глаз

тепловыми лучами. Наконец Ватре удается попасть лучами в Мотру и та падает. Далее появляется Годзилла.

Ватра начинает атаковать Годзиллу, стреляя в него, и попадает в высотное здание, которое падает на Годзиллу.

Затем Ватра неосторожно приближается к развалинам здания, Годзилла быстро поднимается из-под развалин,

хватает Ватру и отбрасывает её. После чего несколько раз стреляет в неё тепловым лучом. Вдруг поднимается Мотра

и начинает атаковать Годзиллу. Годзилла падает. А Мотра садится рядом с Ватрой, и они начинают обмениваться энергией.

Затем встает Годзилла, Мотра начинает атаковать его. Пытаясь взять под свой контроль. Но Годзилла своей энергией

отбрасывает Мотру. Вдобавок он попадает тепловым лучом в колесо обозрения, которое начинает падать на Мотру.

Но его подхватывает Ватра и «бросает» в Годзиллу. Годзилла снова падает. Мотра и Ватра начинают его обстреливать

тепловыми лучами. Годзилла опять поднимается и атакует своим лучом Мотру и Ватру. Затем Мотра снова пытается

взять Годзиллу под свой контроль. Ей помогает Ватра. Годзилла опять падает. Мотра и Ватра начинают «общаться»

между собой. Далее Ватра садится на грудь Годзилле, а Мотра хватает Годзиллу за хвост. Они хотят поднять Годзиллу

в воздух. Годзилла начинает кусать Ватру в шею. Также он попадает тепловым лучом прямо в шею (в рану),

откуда течет кровь. Наконец Мотре и Ватре удается поднять Годзиллу в воздух. Летя над морем, Годзилла еще

раз стреляет тепловым лучом в Ватру. Этот выстрел оказывается смертельным для Ватры. Она и так уже истекала кровью.

Мотра отпускает хвост Годзиллы и Годзилла вместе с Ватрой падает в море.

В конце показывают аэродром, на котором сидит Мотра. Космос прощается с нашими героями. Затем они перемещаются

на Мотру, и та, вместе с Космосом, улетает.