1954 год. Годзилла вновь обрушил свою ярость на улицы Токио. Город превратился в огненное море. Через 9 лет после окончания войны в разгар послевоенного экономического чуда Токио снова стал ареной смерти. Люди могли лишь бессильно наблюдать, как Годзилла давал выход своему гневу.
Годзилла напал на Японию, чтобы поглощать в качестве пищи радиоактивность, излучаемую ядерными реакторами. Поэтому правительство решило закрыть все подобные станции. Однако постоянная возрастающая потребность в электричестве заставляла правительство действовать решительно и быстро. Энергия воды, ветра, солнца – все это использовалось, чтобы заполнить образовавшуюся пустоту. Но эти альтернативные средства не могли заменить ядерную энергию. Поэтому…
Осака. 1996 год. На правительственном уровне было принято решение о создании научно-технического института. Его целью была разработка источников чистой энергии. Институт базировался в Осаке. Возглавлял его Мотохико Сугира. В институте разработали чистый вид энергии – плазменную энергосистему. Плазменная система стала общепринятым источником энергии. Правительство рассчитывало, что теперь, когда нет ядерных станции, Годзилла больше не нападет. Однако…
Годзилла появился в Осаке. Небольшой военный отряд, в ряды которого входит главная героиня Кирико Тадзимори, послан, чтобы остановить Годзиллу. Но безрезультатно. В этом бою погибает командир отряда. Он спас Кирико от смерти ценой собственной жизни.
2001 год. Кирико входит в состав подразделения по борьбе с Годзиллой «G-Graspers», созданный министерством обороны. Она хочет уничтожить Годзиллу, чтобы обезопасить страну. Но это только одна причина. Вторая личная. Кирико мстит Годзилле за смерть своего командира. Она вербует молодого изобретателя Хадзиме Кудо. В командном центре «G-Graspers» Кудо встречает своего бывшего учителя госпожу Ёшино Ёшидзаву, которая работает в научной лаборатории. Здесь с помощью нового плазменного оружия создают миниатюрную «черную дыру». Она поглотит Годзиллу. ««Черная дыра» поглощает все, включая световые волны. Все что она всасывает, остается в ней навсегда. Годзилла не будет исключением», - говорит Ёшидзава. «Сейчас мы пока на стадии исследования. По предварительным расчетам мы уменьшим «дыру» до двух метров. Мы сможем запустить её со спутника. Сейчас «черная дыра» слишком велика. Мы рассчитываем на тебя», - сказала Ёшидзава, показывая на Кудо.
В это время зафиксирован подъем температуры в японском желобе. «Годзилла?», - спросила Кирико. «Пока трудно сказать», - ответил Мотохико Сугира. Вдруг температура стала падать, и объект был потерян.
3 месяца спустя. Мальчик Джун отправился показать приятелю свою коллекцию насекомых. И стал случайным свидетелем испытания «черной дыры». Испытание прошло удачно.
Далее показывают Джуна, который лежит ночью дома. И вдруг в окне пролетает силуэт гигантского насекомого. Джун идет к месту, где испытывали черную дыру и в лесу он снова видит гигантское насекомое и вдобавок еще находит яйцо. А чуть позже мальчик выбрасывает это яйцо в канализацию. Далее Джун снова сидя дома ночью у окна замечает гигантское насекомое. Затем мальчик рассказал о яйце Кирико. Выяснилось, что в ходе эксперимента по испытанию «черной дыры» на пути оказалось насекомое, и произошла мутация. Джун открыл свою энциклопедию и, показывая на насекомое, изображенное на картинке сказал Кирико: «Это Меганулон. Он превращается в Меганулу. Вчера я видел её летящей над городом».
Далее был обнаружен Годзилла. Кирико и еще двое «G-Grasper'овцев» на истребителе «Грифон» отправились к месту обнаружения. Прибыв на место, они обнаружили мертвое насекомое. Далее появляется Годзилла прямо рядом с лодкой Кирико. Кирико забирается на Годзиллу и стреляет в него из пистолета, всадив в Годзиллу трансмиттер.
Наконец «приливная волна» (так назвали новое оружие) готова.
Далее события разворачиваются в лаборатории ученого, который поясняет нашим героям, что «стрекозу, которую вы обнаружили, действительно, Меганула. Меганула возникла здесь, на Земле, около 350 млн. лет назад в начале каменноугольного периода. Я считал, что она вымерла. На стадии личинки она называется Меганулон. Потом у неё появляются крылья, и она становится Меганулой. Меганулы обычно живут огромными роями. При этом они чрезвычайно агрессивны».
В это время район Шибуя Токио полностью оказывается под водой. Это наводнение стало результатом мощного подъема уровня воды. Однако пока специалисты не могут определить причину этого явления. Кудо предлагает свое изобретение – миниатюрный SGS , в который встроена камера. SGS запускают под воду затопленного района, и наши герои видят под водой кладку яиц.
Далее близ острова появляется Годзилла. «G-Graspers» решает заманить Годзиллу на этот остров и выстрелить в него «черной дырой».
А в это время группа военных на катере с взрывчаткой хочет уничтожить кладку яиц под водой. И вдруг на одном из зданий военные замечают рой застывших Меганул. Они начинают атаковать насекомых. Рой оживляется и улетает.
А Годзилла в это время выходит на сушу. Кирико передает на базу, чтобы «приливная волна» была готова. И вдруг появляется рой Меганул. А «приливная волна» уже готова к пуску. Но пуск задерживается, так как мешает рой Меганул, кружащий над Годзиллой. Затем после того как Годзилла выстрелил прямо в рой своим тепловым лучом, рой Меганул начинает атаковать Годзиллу и высасывать из него энергию. Годзилла снова стреляет тепловым лучом и уничтожает часть Меганул. Затем производится пуск «приливной волны». Но происходит промах. В Годзиллу не попали. Второй раз стрелять нельзя. Час должен уйти на остывание. А сравнительно поредевший рой Меганул покидает остров. Годзилла смотрит вслед улетающему рою и тоже уходит с острова.
Далее рой Меганул возвращается в затопленный район и уходит под воду. Они отдают всю свою энергию (включая ту, которую высосали из Годзиллы) своей главной матке.
Позже ночью со дна затопленного района поднимается гигантское насекомое. Оно быстро стало махать крыльями, создавая высокочастотные волны, которые стали разрушать здания и обломки от этих зданий упали на Кудо.
Очнулся Кудо уже в больнице. У него оказалась сломана рука. Ученый пояснил, что это гигантское насекомое – королева Мегагирус. «Её выбирают из Меганул. Она подобна пчелиной матке», - сказал ученый. Также он добавил: «Мегагирус – грозный воин, которого не пугают никакие враги. Этот вид считался непобедимым несколько миллионов лет».
Далее в Токийском заливе появляется Годзилла. Он выходит на сушу и встречается с Мегагирусом. Начинается сражение Годзиллы и Мегагируса. А пока идет бой монстров, готовится к пуску «приливная волна». Затем Мегагирус снова начинает быстро размахивать крыльями, создавая высокочастотные волны, и это приводит к отказу системы «приливная волна».
Далее в командном центре «G-Graspers» появляется Кудо. Ему удается восстановить систему. А в это время все продолжается бой Годзиллы и Мегагируса. Наконец Годзилла своим тепловым лучом уничтожает Мегагируса.
Победив Мегагируса, Годзилла направляется к научному институту.
А в это время выясняется что «приливная волна» начинает сходить с орбиты.
Годзилла доходит до научного института и начинает разрушать его. Выясняется, что в этом научном институте хранилась плазменная энергия, несмотря на то, что она была запрещена после атаки Годзиллы в 1996 году. Это и привлекло Годзиллу.
В это время «приливная волна» готова к пуску, но отказала автосенсорная система. Теперь, нет возможности, навести на цель. «Будь у нас контакт, мы бы смогли выстрелить», - сказал Кудо. «Попробуем!», - ответила Кирико. Она садится в истребитель «Грифон» и говорит, что «установить контакт со мной будет легче. Постараюсь оказаться над Годзиллой. Потом стреляйте!». Кирико направила свой истребитель на Годзиллу, а сама благополучно катапультировалась. Была пущена «приливная волна». Годзилла поднял голову и выстрелил тепловым лучом прямо в «черную дыру». «Черная дыра» накрыла Годзиллу. Произошел мощный взрыв. Когда пыль от взрыва рассеялась, Годзиллы не было. Команда «G-Graspers» ликует. Им, наконец, удалось избавиться от Годзиллы.
Позже Кирико встречается с Кудо и сообщает ему, что «мы получили сообщение о сейсмической активности. Что если Годзилле удалось выскользнуть из «черной дыры»»?
В конце фильма показывают школу, Джуна, который нашел яйцо. Джун несёт свою коллекцию насекомых, ставит их на стол и в этот момент происходит подземный толчок и слышится РЁВ ГОДЗИЛЛЫ!!!