Фильм начинается с того, что профессор, его дочь и репортер Юки наблюдают за приборами, которые показывают приближение Годзиллы. И вот сигнал - знак приближения Годзиллы. Наши герои отправляются к месту выхода Годзиллы, где встречают его. Юки делает несколько фотографий, но вспышка злит Годзиллу, и он начинает атаку. Героям чудом удается избежать гнева Годзиллы. Годзилла нападает на город. Разрушив электростанцию, он уходит в море и отдыхает. Но уже следующим вечером Годзилла плывет к ядерной станции близ Токио. Если он разрушит её, с Токио случится то же, что и с Чернобылем. Туда направляются наши герои, армия и министерство ЧС. В это время в океане находят странный камень огромной величины. Стоит лишь подлодке осветить его, как Камень тут же поднимается на поверхность и куда-то улетает.
Главный министр по ЧС Катогири - бывший ученик профессора. Между ними происходит разговор, который ни к чему, кроме ссоры, не приводит. Армия разработала новый вид оружия. Оно проткнет Годзиллу, как спицы гуся -говорят они. И вдруг слышатся сильные взрывы – идет Годзилла. Его обстреливают со всех орудий, но это лишь заставляет его стоять на месте. Но тут прилетает тот самый камень! Он атакует Годзиллу тепловым лучом. Годзилла понимает, что сейчас ему не победить, уходит в море,а камень летит в Токио. В это время Профессор находит кусочки кожи Годзиллы. Он проверяет её на микроскопе и замечает нечто странное - кожа со временем восстанавливается! Вечереет. Камень все менее и менее активен. Ученые считают, что камень питается солнечной энергией и что он прилетел на землю и упал в воду 60 мил. лет назад. С тех пор он покрылся камнями и внутри он совсем другой.
В это время звонит профессор. Он хочет использовать оборудование правительства для изучения Годзиллы.В обмен он должен отдавать все новости о Годзилле в руки армии. В лаборатории правительстварофессор выявляет новое качество Годзиллы - регенерация! То есть Годзилла может залечивать свои раны.
В это время камень просыпается. Тепеь он выглядит как НЛО. НЛО движется по Токио. Армия пытается его остановить, но НЛО лишь уничтожает эти вертолеты. НЛО садится на Ратушу - огромное здание, в котором находится суперкомпьютер. Из здания все эвакуируются, кроме Юки. НЛО начинает скачивать данные из суперкомпьютера. В здании устанавливают бомбы. Юки звонит профессору и говорит, что она в ратуше и что НЛО очень интересуется Годзиллой. Профессор вбегает в здание и говорит Юки, чтобы та бежала, а он сам все скачает. Юки так и поступает, но на выходе видит машины армии, котрые уезжают. Лейтенант говорит, что слишком поздно, и из здания никто не выберется. Происходит взрыв. Профессору удается спастись в шахте лифта. И вот все наши герои стоят на крыше здания. Похоже, взрыв разозлил НЛО и он добил остатки здания, а также разрушил несколько домов. Профессор говорит, что НЛО хочет заполучить клетки Годзиллы, чтобы тоже регенирироваться. В это время ГОДЗИЛЛА ВЫХОДИТ НА БЕРЕГ! Он очень зол и хочет отомстить. Годзилла вступает в битву с НЛО, но НЛО валит Годзиллу, и из его клеток создает странное бесформенное существо. Оно падает и лежит там долгое время. Годзилла просыпается и добивает НЛО. Кажется, Годзилла победил, но из того бесформенного существа вырастает ОРГА! Он вступает в битву с Годзиллой. Годзиллла не может ранить Оргу, тот залечивает раны за секунды. В конце концов из рта Орги появляется огромная воронка. В нее он засасывает Годзиллу, и чем дальше он засасывает Годзиллу, тем больше изменяется. У него уже выросли шипы Годзиллы кожа позеленела. Но Годзилла делает плевок теполовым лучом.Орга погибает изнутри! Происходит огромный взрыв, но Годзилла выживет и, уничтожив несколько зданий тепловым лучом, уходит в море. А люди поняли, что если бы не их кошмарная деятельность, все было бы спокойно.
